В результате реставрации монастырь, в котором долго располагался и до сих пор держит свои фонды историко-архитектурный музей-заповедник, должен приобрести первозданный вид. На территории монастыря находятся двадцать девять построек XVII – XIX веков. К 400-летию дома Романовых, которое Кострома собирается отметить в 2013 году, планируется отреставрировать все эти постройки.
Перед началом реставрационных работ архитекторы и историки изучили сотни монастырских фотографий и планов. Поэтому подвергнутся перекраске в другие цвета белые монастырские стены, будут реставрированы парадные ворота. Сейчас полным ходом идет ремонт Свечного корпуса, восстановлено гранитное крыльцо Романовских палат. В храме Хрисанфа и Дарьи планируется переписать росписи на стенах, в советское время замазанные масляной краской. Реставрация остальных помещений начнется, когда музей полностью переведет свои фонды за пределы монастыря.