Но, по ее словам, все еще остается ряд проблем, решением которых необходимо заняться уже в ближайшее время. В частности, в соответствии с Таможенным кодексом все средства, получаемые Федеральной таможенной службой, направляются на специальный счет ФТС и только потом переводятся в бюджет. Ежедневно на этом счете находится 10-15 млрд. рублей, что, по оценкам Федерального казначейства, снижает эффективность и прозрачность управления средствами федерального бюджета.
Также Татьяна Нестеренко заметила, что новые методики доведения средств до получателей позволили решить проблемы нецелевого использования средств и остатков средств на лицевых счетах. Среди мер, направленных на дальнейшее совершенствование этих методик, глава Федерального казначейства отметила разработку современной ведомственной информационной транспортной сети, обслуживающей исполнение бюджета. Ее введение запланировано на 2008 год. По оценкам ведомства, эта сеть позволит органам казначейства получать любую оперативную информацию о счетах федерального, региональных и местных бюджетов.