Речь идет, прежде всего, о тех научных организациях, без которых, по мнению ученых, в принципе невозможна работа академии. Скажем, Институт проблем развития науки занимается наукометрией, то есть оценкой научной деятельности сотен научных организаций и десятков тысяч ученых. Такое же значение для функционирования академии имеют, в частности, Институт научной информации по общественным наукам, Всероссийский институт научной и технической информации, Центр научной киновидеоинформации РАМН и Институт истории науки и техники имени Вавилова. Кроме того, в перечне, представленном Владимиром Фортовым, указаны петербургская Библиотека академии наук, Библиотека по естественным наукам РАН, Государственная публичная библиотека СО РАН, Центральная научная библиотека ДВО РАН, Центральная научная сельскохозяйственная библиотека, Библиотека СО РАСХН, Фундаментальная библиотека РАМН, архивы РАН и РАСХН. Также академики рассчитывают вернуть Государственный геологический музей имени Вернадского, Минералогический музей имени Ферсмана, научный и издательский центра "Наука", издательство Сибирского отделения РАН, академиздатцентр "Наука", издательство "Дальнаука" и Дом ученых.
В сентябре был принят закон о реформе РАН, который объединил "большую" академию с Российской академией медицинских наук и Российской академией сельскохозяйственных наук, а научные институты РАН, РАСХН, РАМН перевел в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО).