Он будет организован на базе семи вузов и семи научных организаций полуострова. При этом базовым станет Таврический национальный университет имени В. И. Вернадского. Вместе с ним в КФУ войдут Национальная академия природоохранного и курортного строительства, Крымский агротехнологический университет, государственный медицинский университет, гуманитарный университет (Ялта), экономический институт и институт информационно-полиграфических технологий. Из научных организаций в структуре КФУ будут работать Крымский научный центр, Отдел сейсмологии Института геофизики имени С. И. Субботина и др.
Министерству образования и науки России поручено в шестимесячный срок представить на утверждение в Правительство РФ программу развития КФУ, а еще раньше - за три месяца - внести в правительство скорректированный вариант госпрограммы "Развитие образования до 2020 года" с учетом финансирования нового учебного заведения. Правительству РФ, Совету министров Республики Крым и Росимуществу поручено не позднее первого января 2016 года провести мероприятия по созданию и развитию федерального университета.
Сейчас в России работает девять федеральных университетов (в Калининграде, Владивостоке, Казани, Архангельске, Якутске, Ставрополе, Красноярске, Ростове-на-Дону и Екатеринбурге), и КФУ станет десятым.
Создание КФУ поможет социально-экономическому развитию Крымского федерального округа за счет подготовки кадров и научных исследований. Предполагается, что в новом университете будут обучаться от 30 до 35 тысяч студентов. На реализацию программы развития КФУ предполагается до 2019 года выделить из бюджета дополнительно 5 миллиардов рублей.