Согласно законопроекту, до 2017 года для признания компании контролируемой доля участия российского резидента должна превышать 50%, но затем этот порог уменьшится наполовину (до 25%) либо, если компания принадлежит россиянам наполовину, то достаточно будет и 10% доли участия для признания такой организации контролируемой. Представители ТПП не единожды заявляли, что целесообразно оставить долю владения в размере 50% на весь период применения закона. Это объясняется тем, что владелец доли в 10% не влияет на деятельность компании и не имеет доступа к финансовым документам, которые запрашивают российские налоговые органы.
Опасение вызывает и тот факт, что к контролируемым компаниям будут относиться организации, зарегистрированные в государстве с эффективной ставкой по налогу на прибыль ниже 15%. К примеру, на Кипре, где ставка налога установлена в размере 12,5%. К тому же ФНС будет вести "черный список" стран, которые неохотно обмениваются информацией. Организации, зарегистрированные в них, будут подлежать контролю. Полномочиями по утверждению перечня государств (территорий), не обеспечивающих обмен информацией, целесообразно наделить правительство РФ, что обеспечит более высокий уровень стабильности и определенности налогообложения. Однако в соответствии с законопроектом такие права получит ФНС.
Положения п. 5 проектируемой ст. 25.13 НК РФ допускают возможность необоснованно расширительного толкования понятия "контролирующее лицо" со стороны налоговых органов. Так, например, в соответствии с абз. 2 названного пункта осуществление контроля над организацией может определяться исходя из "иных особенностей отношений между лицом и организацией и (или) иными лицами". Перечень случаев признания лица контролирующим должен быть закрытым. В противном случае теряет смысл введение каких-либо четких критериев для признания лица "контролирующим". При рассмотрении законопроектов законодатели не раз обращали внимание на негативное влияние размытых формулировок на правоприменительную практику. Но из проектов документов такие формулировки до сих пор не исчезли.
Штрафы для КИК за неподачу уведомления о владении долей в иностранной компании составят 100 тыс. рублей. В 2015 и 2017 годах их обещают не применять.