По версии следствия, в 2014-2024 годах научно-исследовательский институт выполнял многомиллионные контракты с государственным заказчиком по разработке и внедрению современных технологий. Протасов был обязан создать специальную научную группу для такой работы. Этой группе устанавливались повышенные выплаты. Руководитель сделал так, что попасть в эту группу можно было лишь за наличные.
Как уверяют в СК, за пять лет - с 2020-2025 годы - Протасов получал от сотрудников института большие и очень большие взятки. Люди ему платили за включение их в научную группу для получения повышенных выплат и вообще за покровительство по службе.